吉林醫藥學院1952年建校，前身為中國人民解放軍第四軍醫大學吉林軍醫學院。2004年8月，學校由軍隊整體移交吉林省，成為省屬公辦高等學校，現為吉林省惟一獨立設置的西醫本科院校。2013年通過教育部本科教學工作合格評估，2017年通過教育部臨床醫學專業認證，有效期6年。學校現為吉林省碩士學位授權單位立項建設A類高校。

學校現有23個機關職能部門、3個群團組織、14個教學單位、4個直屬單位、2個教輔單位、1個科研單位；3所附屬醫院和2所非直屬附屬醫院，均為三級甲等醫院；各類實習實訓基地163家。現有全日制在校生10957（含留學生數）人，其中臨床醫學專業留學生341人。近3年，畢業生初次就業率保持在85%以上。

校本部教職工686人，專任教師497人，其中兼職博士研究生導師2人、碩士研究生導師55人，碩士及以上學位教師460人，高級職稱215人。擁有新世紀百千萬人才工程國家級人選1人、全國優秀科技工作者1人，享受國務院政府特殊津貼專家3人、教育部新世紀優秀人才支持計劃人選1人、教育部高等學校教學指導委員會委員1人，現有吉林省人大代表1人、吉林省政協委員2人，吉林省人民政府長白山學者獎勵計劃特聘教授1人、省拔尖創新人才12人、省突出貢獻中青年專業技術人才11人、省高校首批學科領軍型教授1人、省高校新世紀科學技術優秀人才1人、省青年科技獎2人、省教學名師3人、省教學新秀3人、省教育系統先進工作者1人、省優秀教師2人。

現開設22個本科專業，6個專科專業，分布于醫、理、工、管4個學科門類。現有國家級特色專業1個、省高水平特色專業A類2個、省一流本科專業建設點8個、省級特色專業4個、省級品牌專業建設點2個、省轉型發展示范單位3個、省創新創業教育改革試點專業2個、省級人才培養模式創新實驗區3個、省級黃大年式教師團隊2個、省級優秀教學團隊9個、首批國家虛擬仿真實驗教學項目1個、教育部產學合作協同育人項目20項、省級實驗教學示范中心4個、國家精品資源共享課1門、國家級精品課程１門、國家級一流課程4門、省級精品課程16門、省級一流本科課程29門、省級“學科育人示范課程”２項、省級校企合作開發立項建設課程1項；獲吉林省教學成果獎一等獎2項。

科研學科基礎扎實。學校立項科技部重大專項、國家自然科學基金項目28項，其中與南京大學合作國家重大科研儀器研發項目1項。獲吉林省科學技術獎30項，其中二等獎8項；發表高水平論文155篇；獲省社會科學優秀成果獎三等獎2項；發明專利40項。臨床醫學、藥學獲批省特色高水平學科優勢特色學科 A類、B類。與延邊大學、長春中醫藥大學、吉林農業大學等聯合培養研究生共計156人。2015年，學校成為省屬首批聯合培養碩士研究生工作試點單位，與延邊大學聯合培養碩士研究生71人，共有省級科研平臺23個，其中省科技創新中心2個、“院士工作站”1個；吉林市應用產業研究院4個、產業研究中心1個。

國際合作交流廣泛開展。現有客座教授29人，外籍教師1人。學校先后與美國、英國、澳大利亞、韓國、印度、荷蘭、白俄羅斯等10多個國家的高校、科研院所、醫院建立了合作關系。同香港Maryknoll醫院合作開展1+Ｎ境外育才項目，與美國圣約翰大學、韓國大邱保健大學、加圖立大學簽訂合作協議，現有教育部中外合作辦學項目1個，與韓國建陽大學聯合開辦生物制藥本科專業。現有留學生341人，來自8個國家。定期選派優秀教師出國交流學習，2014年以來，共54人次相繼赴英國、澳大利亞、美國和加拿大等地學習。

學校是全國科普教育基地、教育部國防教育特色學校、首批中醫類別實踐技能考試11個國家基地之一、國家執業醫師考試吉林省基地、全國農村訂單定向醫學生培養院校聯盟副理事長單位、省全科醫生培養典型單位、省農村訂單定向免費醫學生培養單位、省村級醫療衛生技術人才培訓基地、吉林市衛生技術人才培訓基地。臨床技能中心是國家執業醫師考試吉林地區考點、社區醫生培訓基地。學校是中國藥理學會合理用藥科普吉林示范基地，是省解剖學會、省微量元素科學研究會、省全科醫學學會理事長單位，省科學社會主義學會會長單位，省心理學會副理事長單位。

學校附屬四六五醫院占地面積4.43萬平方米，資產總額4.9億元，醫院編制床位數500張，大中型醫療設備1000余臺（件），現為首批國家臨床教學培訓示范中心、國家住院醫師規范化培訓基地、全國護理科普教育基地、吉林市區域醫療中心和多地定點醫療單位。附屬梅河口市中心醫院占地面積6.00萬平方米，編制床位數1000張，現有省級重點實驗室2個，獲評全國百姓放心百佳示范醫院、“全國縣級醫院百強、中部省份十強”、全國文明單位、吉林省勞動模范集體、省級文明單位、全省衛生系統行風建設先進單位、省級誠信單位等眾多殊榮。附屬松原吉林油田醫院占地面積15.89萬平方米，核定床位826張，現有省級重點實驗室1個，是國家衛生計生委首批認證的“高血壓教育與管理規范化示范基地”，是“中國卒中協會中國卒中中心聯盟”首批授牌認證的“卒中中心及卒中防治聯盟成員單位；目前是集醫療、科研、教學、保健、康復、職業衛生和社區衛生于一體綜合性三級甲等醫院。