重慶中醫(yī)藥學(xué)院前身為1951年西南軍政委員會衛(wèi)生部創(chuàng)辦的重慶中醫(yī)進(jìn)修學(xué)校，曾先后更名為四川省重慶中醫(yī)學(xué)校、重慶市中醫(yī)學(xué)校。2001年重慶市中醫(yī)學(xué)校整體并入重慶醫(yī)科大學(xué)，組建了重慶醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院。2023年以重慶醫(yī)科大學(xué)中醫(yī)藥學(xué)院為主要辦學(xué)基礎(chǔ)，充分整合重慶市中醫(yī)院、重慶市中藥研究院、重慶市藥物種植研究所等全市中醫(yī)藥教學(xué)科研優(yōu)質(zhì)資源組建重慶中醫(yī)藥學(xué)院，于6月6日經(jīng)教育部批準(zhǔn)成功設(shè)置，6月30日揭牌，同年9月2日招生辦學(xué)。

學(xué)院選址重慶產(chǎn)教融合生態(tài)區(qū)（大學(xué)城西區(qū)），坐落于重慶市璧山區(qū)璧城街道蒲國寶路61號，依山臨河，交通便利，環(huán)境優(yōu)美，學(xué)院建設(shè)規(guī)劃總占地面積1686.47畝。  

學(xué)院擁有教學(xué)科研儀器設(shè)備價值約1.4億元、紙質(zhì)藏書51萬冊，直屬附屬醫(yī)院7家，擬建附屬醫(yī)院和教學(xué)醫(yī)院23家，中藥類實踐教學(xué)基地50個。擁有國家中醫(yī)重點(diǎn)專科10個，國家臨床重點(diǎn)專科5個，國家級卓越醫(yī)生（中醫(yī)）教育培養(yǎng)計劃試點(diǎn)1個，省級重點(diǎn)學(xué)科27個。與重慶醫(yī)科大學(xué)共建共享博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)1個、碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)4個。擁有首批國家中醫(yī)藥傳承創(chuàng)新工程建設(shè)單位2個、國家中醫(yī)藥傳承創(chuàng)新中心建設(shè)單位1個、省部級以上科研平臺33個、國家級中醫(yī)藥優(yōu)勢特色教育培訓(xùn)基地（中藥）1個、國家級中醫(yī)藥優(yōu)勢學(xué)科繼續(xù)教育基地（中藥資源學(xué)）1個，全國中醫(yī)藥文化宣教基地1個，校級實驗平臺5個，為學(xué)院開展人才培養(yǎng)和科學(xué)研究提供了重要的平臺支撐。

學(xué)院現(xiàn)有教師400余人，研究生學(xué)歷人員占80%以上，副高級以上職稱人員占40%以上，其中有全國名中醫(yī)3人、國家青年岐黃學(xué)者2人、國務(wù)院特殊津貼專家17人、全國名老中醫(yī)藥專家傳承工作室專家14人，重慶中青年醫(yī)學(xué)高端人才20人，引進(jìn)海外高層次人才3人。現(xiàn)已設(shè)置中醫(yī)學(xué)、中藥學(xué)、針灸推拿學(xué)、中醫(yī)骨傷科學(xué)、中西醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)、中藥制藥、中醫(yī)康復(fù)學(xué)、中醫(yī)養(yǎng)生學(xué)、中藥資源與開發(fā)、護(hù)理學(xué)、健康服務(wù)與管理11個本科專業(yè)。2023年學(xué)院首屆招生1200人，規(guī)劃到2026年全日制在校學(xué)生（含研究生）達(dá)6000人，到2030年全日制在校學(xué)生（含研究生）達(dá)10000人。

“十四五”及未來時期，學(xué)院堅持以習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想為指導(dǎo)，堅持黨的全面領(lǐng)導(dǎo)和社會主義辦學(xué)方向，立足重慶、服務(wù)西部、輻射全國、走向世界。按照“傳承精華、守正創(chuàng)新”的指示要求，堅守“明德濟(jì)世、精術(shù)澤人”的校訓(xùn)精神，秉持“中醫(yī)中藥并重、教研醫(yī)產(chǎn)相融”的辦學(xué)理念，探索“教學(xué)立校、人才興校、科研強(qiáng)校、產(chǎn)業(yè)富校”的發(fā)展道路，遵循中醫(yī)藥教育教學(xué)和人才成長規(guī)律，打造“會看病的教師、會教書的醫(yī)生、會育人的科學(xué)家”之“三棲名師”，為學(xué)生配置“成長導(dǎo)師、學(xué)業(yè)導(dǎo)師、科研導(dǎo)師”之“三類導(dǎo)師”，堅持院校教育與師承教育融合發(fā)展，以本科教育為主體，積極發(fā)展研究生教育，協(xié)調(diào)發(fā)展留學(xué)生教育和繼續(xù)教育，著力培養(yǎng)德智體美勞全面發(fā)展、熱愛中醫(yī)藥、品德高尚、基礎(chǔ)扎實、技能優(yōu)良、具有創(chuàng)新精神和實踐能力的高素質(zhì)應(yīng)用型人才，努力建設(shè)特色鮮明、優(yōu)勢突出、教研醫(yī)產(chǎn)協(xié)同、全國知名的高水平中醫(yī)藥高等院校。