福建醫科大學創建于1937年，是我國建校較早的公立本科醫學院校之一,是一所以醫為主，多學科協調發展，具有完整人才培養體系的福建省“雙一流”建設高校，是福建省人民政府和國家衛生健康委員會共建高校，是福建省衛生人才培養中心、醫學科學研究中心和醫療衛生服務中心。學校榮獲第二屆全國文明校園稱號。

學校現有旗山、烏山2個校區，規劃占地約1480畝，有教職醫護員工15901人（含附屬醫院），在校全日制學生19000多人。專任教師（含臨床教師）1663人，其中具有博士學位教師占58.87%，具有高級職稱教師占69.51%。擁有國家級高層次人才57人次、“南丁格爾”獎章獲得者2人、歷年享受國務院特殊津貼專家126人，國家級教學團隊和全國高校黃大年式教師團隊3個；有國家級特色專業4個，國家級一流本科專業建設點11個；有博士學位授權一級學科6個、博士專業學位授權點3個、碩士學位授權一級學科9個、碩士專業學位授權點10個；有臨床醫學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學、藥學4個博士后科研流動站，4個博士后工作站，2個院士工作站。臨床醫學、藥理學與毒理學、化學、神經科學與行為學、生物學與生物化學、分子生物學與遺傳學、免疫學、材料科學、社會科學總論學科等9個學科進入ESI全球排名前1%。現有臨床醫學、基礎醫學等省級一流學科6個。

學校擁有附屬協和醫院、附屬第一醫院、附屬第二醫院、附屬口腔醫院4所直屬附屬醫院。擁有協和臨床醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、省立臨床醫學院、福總臨床醫學院、婦兒臨床醫學院、腫瘤臨床醫學院、寧德臨床醫學院等8所臨床醫學院，在福建省設有10所非直屬附屬醫院，28所臨床教學醫院，3個非直屬附屬疾控中心及108個專業實踐教學基地。附屬醫院中擁有神經內科、血液內科、心臟大血管外科、普通外科等國家臨床重點專科23個，省級臨床重點專科72個。附屬第一醫院與復旦大學附屬華山醫院共建的復旦大學附屬華山醫院福建醫院（福建醫科大學附屬第一醫院濱海院區）為全國首批國家區域醫療中心，附屬協和醫院為綜合類國家區域醫療中心牽頭建設單位，附屬第二醫院為首批省級區域醫療中心，附屬口腔醫院為專科類國家區域醫療中心依托建設單位。